Los Bosques de Honduras, a pesar de la desforestación que se ha realizado en las zonas de uso agropecuario, existen aún en grandes extensiones que van, desde los latifoliados bosques nublados a bosques secos, y de los bosques de manglares a sabanas cubiertas de arbustos con sus ecosistemas propios. Es de igual importancia el arrecife coralino que en el país se encuentra en el Mar Caribe, específicamente formando parte del archipiélago de las Islas de la Bahía y considerado el "segundo arrecife coralino vivo" de nuestro planeta.

Honduras se encuentra actualmente promoviendo el desarrollo de programas de ecoturismo con miras a propiciar el desarrollo sostenible en las áreas protegidas. Es por ello que, si bien a travéz de este rubro se proyecta la revaloración de los rekcursos naturales, la intención es propiciar el aprovechamiento de los mismos. Al mencionar el acceso a zonas de gran riqueza de flora y fauna no se pretende desequelibrar la capacidad de carga de los ecosistemas, por lo que la operación de grupos en estas zonas está siendo debidamente controlada.

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